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枣树苦痘病的发病原因主要包括以下几个方面：
土壤中有效钙供应不足：有效钙是土壤溶液中和被土壤胶体吸附的离子。一般土壤中有效钙含量很少，仅为几十至几百微克∕千克。钙在土壤中多以碳酸钙、含钙磷灰石等难溶性矿物质存在，而土壤有机质含量低于1%，会使碳酸钙、含钙磷灰石等矿物质难以转化为有效钙。
钙在植物体内吸收运输缓慢且在各器官分配不平衡：在各种营养元素中，钙是韧皮部运输活性较低的一个元素，这一特性使钙在植株体内的再运输和再分配能力很弱，即使老叶和成熟叶中的钙再丰富，也难以运输到果实中去。
钙元素和其他元素的拮抗作用：某些元素的过多会抑制钙的吸收，如氮过量一方面抑制根对钙的吸收，另一方面氮可促进作物旺长，促进枝条和叶片等对钙的吸收，导致果实缺钙。但硼与钙又存在互相促进的关系，当果树中的含钙量增加时，需要硼的量也增加，因此钙、硼同补可以提高两种元素的吸收率。
农艺措施影响钙元素的吸收：枣园的群体结构、树体结构和负载量的大小都影响着枣树对钙的吸收。如枣园栽植密度大、树体郁闭、通风透光条件差，枣园苦痘病发病率就高；树体负载量小，造成树势强、新梢生长旺盛的枣园苦痘病发病率高；树体负载量过大，果与果间争夺钙素，造成果实钙素分配减少，也易发生苦痘病。
偏施、晚施磷肥，树体过旺及肥水不良：果实生长期降雨量大，浇水过多，都易造成此病害加重。冬枣生产中不喷施或不敢喷施石硫合剂、波尔多液，也是造成葡萄苦痘病大出现的一个间接因素。
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